神秘的达克魔王突袭了海萤堡，并将小魔仙们纯洁的力量化为了不同的能量之心，打算融合成宇宙之源，从而统治宇宙。小魔仙们全都惨遭其毒手，被封印成了玩具人偶。而在阿哦小镇上，善良美丽的桃子，通过自身不断的努力，将小魔仙们一一解救出来，并与她们一同收集能量之心，克服重重困难，为粉碎达克魔王的计划而奋斗。

工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非